જ્યારે ત્રિશા પ્લેગથી મૃત્યુ પામે છે ત્યારે તેણીને સજીવન કરવાના પ્રયાસમાં ભાઈઓ માનવ ટ્રાન્સમ્યુટેશનની પ્રતિબંધિત રસાયણ તકનીક કરે છે. પરિણામે, ટ્રાન્સમ્યુટેશન બેકફાયર થાય છે અને કાયદામાં સમાન વિનિમય સાથે, ડાબો પગ અને આલ્ફોન્સનું એડવર્ડનું આખું શરીર બરબાદ થઈ જાય છે. એડવર્ડ આલ્ફોન્સના આત્માને બચાવવા માટે તેનો જમણો હાથ ગુમાવે છે, તેને બખ્તરના પોશાકમાં લોહીની સીલ સાથે બાંધે છે. રોય મુસ્ટાંગે એડવર્ડને આલ્ફોન્સના શરીરને પુનઃસ્થાપિત કરવાની પદ્ધતિ બનવા માટે આમંત્રિત કર્યા છે અને રાજ્યના રસાયણશાસ્ત્રી દ્વારા સંશોધન કરવામાં આવશે. એડવર્ડ વિજય મેળવે છે, તેના પ્રોસ્થેટિક પોસ્ટ લિમ્બ્સ અનુસાર નામ બની જાય છે, ફુલમેટલ અલ્કેમિસ્ટ.
ત્રણ વર્ષ પછી, Elrics તેમના ઉદ્દેશ્યોને સાકાર કરવા માટે સુપ્રસિદ્ધ ફિલોસોફર સ્ટોનની શોધ કરે છે. માર્કોહ તેમની નોંધો તેમના દ્વારા શોધવા માટે મોકલે છે, જો કે તેઓ ખરેખર પથ્થરને માનવ બલિદાન બનાવવા માટે જરૂરી પરિબળ શીખે છે. મુસ્ટાંગનો મિત્ર, મેસ હ્યુજીસ, તેમના સંશોધનને આગળ ધપાવે છે, પરંતુ હોમુનકુલીની વ્યૂહરચના શોધવા માટે છૂપી ઈર્ષ્યાથી તેને ગોળી મારી દેવામાં આવે છે.
ઇઝુમી સાથે જોઈને, એલરિક્સ શીખે છે કે તેના મૃત્યુ પામેલા બાળક પર તેના દ્વારા માનવ પરિવર્તન કરવામાં આવ્યું હતું. બદમાશ હોમનક્યુલસ લોભ આલ્ફોન્સને પકડે છે, પરંતુ એમેસ્ટ્રીસના પ્રમુખ કિંગ બ્રેડલી દ્વારા તેને બચાવી લેવામાં આવે છે, જે હોમનક્યુલસ ક્રોધ તરીકે કાર્ય કરે છે. આ રીતે લોભ હોમુનકુલીના જન્મદાતા પિતાની અંદર ઓગળી જાય છે અને ફરીથી શોષાય છે. વિનરી અને એલ્રીક્સ હ્યુજીસ સાથે જવા માટે સેન્ટ્રલ સિટી પાછા ફરે છે પરંતુ તેના ગુજરી ગયાની ખબર પડે છે. લેફ્ટનન્ટ મારિયા રોસને હ્યુજીસની હત્યા માટે ફસાવવામાં આવ્યો હતો, પરંતુ દેખીતી રીતે મુસ્ટાંગ દ્વારા તેની હત્યા કરવામાં આવી હતી. તેમ છતાં, એડવર્ડને ખબર પડે છે કે રોસની વિદાય યોજવામાં આવી હતી જેથી તેણીને મુસ્ટાંગ દ્વારા યુનાઇટેડ સ્ટેટ્સથી ઝિંગમાં દાણચોરી કરી શકાય, જેમાં ઝિંગીઝ રાજકુમાર લિંગ યાઓએ મદદ કરી. એડવર્ડ દ્વારા હોહેનહેમ સાથે પુનઃ જોડાણ થયું પરંતુ નિવાસસ્થાનમાં તેની લાંબી ગેરહાજરી માટે તેને ધિક્કારે છે.
જેમ જેમ કથા આગળ વધે છે તેમ, હોમુનકુલીનો વારંવાર આગેવાનો દ્વારા સામનો કરવામાં આવે છે. Mustang વાસનાને મારી નાખે છે; મુસ્ટાંગ અને લિંગ ગ્લુટ્ટનીને પકડે છે, જો કે તે તેના નલ અને એડવર્ડ, લિંગ જેવા પેટમાં ઈર્ષ્યાનો અંત લાવે છે. ખાઉધરાપણું પિતાને મળવા આલ્ફોન્સને લઈ જાય છે, પરંતુ લિંગ જમણી બાજુએ હોમનક્યુલસમાં ફેરવાય છે, ખાસ કરીને લોભનો નવો અવતાર, જ્યારે અન્ય લોકો ગ્લુટ્ટનીના પેટમાંથી છટકી જાય છે. એલ્રિક્સને તેમનો પીછો ચાલુ રાખવા માટે મુક્ત કરવામાં આવે છે જો પિતા તેમના દ્વારા વિરોધ ન કરે.
બ્રિગ્સની નીચે એક ભૂગર્ભ ટનલ શોધીને, જનરલ ઓલિવિયર આર્મસ્ટ્રોંગ ફાધરને શોધે છે અને એલ્રીક્સ એક રાષ્ટ્રીય ટ્રાન્સમ્યુટેશન ગ્રૂપ બનાવી રહ્યા છે અને તે તેના નાગરિકોને આપવાનો ઇરાદો ધરાવે છે જેથી કરીને તે દેવત્વ તરફ આગળ વધી શકે. લોભ પુનઃપ્રાપ્ત કરે છે પિતા અને તેમની અગાઉની સ્મૃતિઓ સાથે દગો કરે છે, પછી અને એડવર્ડ, કિમ્બલી હોહેનહેમના ચિમેરા મિનિયન્સ સાથે જોડાય છે. હોહેનહેઇમ તેના પુત્રોને વ્યક્તિગત રીતે જાહેર કરે છે કે તે નશ્વર નથી, ચારસો વર્ષ પહેલાં પિતા દ્વારા જીવંત ફિલોસોફરના પથ્થરમાં ફેરવાઈ ગયો હતો.
પ્રોમિસ ડે આવે છે અને પિતા ગ્રહણ સાથેની તેમની વ્યૂહરચના શરૂ કરવાની તૈયારી કરે છે અને જેમણે તેમના બલિદાન તરીકે માનવ પરિવર્તનનો પ્રયાસ કર્યો હતો તે જરૂરી છે. વિવિધ આગેવાનો ફાધરના મિનિયન્સ સાથે સંઘર્ષ કરે છે, જેમાં તમામ હોમુનક્યુલી સમાપ્ત થાય છે. ફરજિયાત Mustang ને અનુસરીને, તેમજ Elrics, Izumi, Hohenheim એકત્ર કરવામાં આવે છે કારણ કે પિતા રાષ્ટ્રીય ટ્રાન્સમ્યુટેશનને સક્રિય કરે છે. તેમ છતાં, સ્કાર અને હોહેનહેમ એમેસ્ટ્રીયનોને પ્રતિકૂળ પગલાં દ્વારા બચાવવા માટે સક્રિય કરે છે. પિતા દ્વારા લોભને બરબાદ કરવામાં આવે છે, જોકે પિતાને જમીનની ઉપરનો સામનો કરવો પડે છે જ્યાં આગેવાનો તેમની સાથે તેમના ફિલોસોફરના પથ્થરને પહેરવા માટે લડે છે.
આલ્ફોન્સ, જેનું બખ્તર ફાધર સામેના છેલ્લા સંઘર્ષમાં બરબાદ થઈ ગયું હતું, તે જમણો હાથ પાછો મેળવવા માટે તેની ભાવના આપે છે, જે બદલામાં ફાધરના સ્ટોનને બરબાદ કરે છે, અને તેને એડવર્ડના સત્યના ઐતિહાસિક દ્વાર પર પાછો મોકલે છે. એડવર્ડ આત્મા અને આલ્ફોન્સના શરીરને પુનઃપ્રાપ્ત કરવા માટે રસાયણ કરવાની શક્તિ ગુમાવે છે. હોહેનહાઇમ કબર જુએ છે જ્યાં તે ત્રિશાની સ્મિત સાથે મૃત્યુ પામે છે.
